WebDAVとしてサーバに接続するフォルダを作成することができます。
新規から「WebDAV」を選択してください。
接続先などの入力画面が表示されるので、必要な項目を入力し、ログインしてください。
同期を「オン」にすると、サーバ側で削除したディレクトリを自動的に削除します。
青いアイコンがWebDAVフォルダとなります。
ファイルの編集・削除はダウンロードしたファイルに対してのみ行います。
i文庫HD上でファイルを削除してもサーバ側のファイルは削除されません。
その他、使用方法はDropboxの場合と同じです。
Dropboxの解説ページも参考にしてみて下さい。